エピソード001　アリを殺せ(前編)

ケイトが何者かに射殺された。ラボにいたアビーも狙撃される。アリの仕業だと確信したギブスと彼のチームは、一丸となって犯人を追う。そんな折、NCISの局長が異動となり、後任にはギブスと旧知の仲であるジェニファーが就く。アリの確保に慎重な姿勢を見せる新局長。さらにそこへモサドのジヴァが現れ、アリはハマスに潜入捜査中のモサドで無実だと主張する。確たる証拠がつかめぬまま、捜査は難航。アリの狙いは、一体何なのか？

エピソード002　アリを殺せ(後編)

アリがジェラルドを人質にダッキーを呼び出した。それに気づいたギブスたちは、必死で彼らの行方を捜す。携帯の位置を特定するが、すでにそこには誰もいなかった。一方、ジヴァを尾行していたトニーは、彼女がアリに偽造パスポートを渡そうとしていることを突き止める。報告を受けたギブスは運び屋を追うが、まかれてしまう。そんな時、アビーがアリの車のナンバーを割り出した。車を発見したギブスと局長を何者かが狙撃。撃ったのはアリなのか？

エピソード003　心理ゲーム

10年前に22人の女性を殺したとして数日後の死刑執行が決まっているカイル･ブーン。彼はいまだ発見されない被害者の遺体の隠し場所を教えると言い出した。しかし条件は彼を逮捕したギブスと面会すること。ギブスは拒否するが海軍長官は面会を命じた。10年前の取り調べ中、ブーンの言動がギブスに与えた精神的ダメージを知るダッキーは心配する。面会に来たギブスをブーンは精神的に追い込もうとする。果たしてブーンの狙いは何か。そしてこの心理戦の行方は？

エピソード004　棺の中の真実

140年前の棺の中から保存状態のよい遺体と、当時あるはずもない携帯電話が見つかった。南北戦争の軍服を着た遺体に海兵隊の認識票がついていたためNCISが出動する。遺体は最近殺害された二等軍曹で、死因は生き埋めにされたための窒息死と判明。モサドから派遣されてきたジヴァがチームに加わるが、ギブスに武器を取り上げられ捜査から外されてしまう。一方、棺の中の携帯電話には殺害された軍曹からのメッセージが残されていた。

エピソード005　身代わりの水兵

海軍下士官のジェリー･スミスが走行中、何者かに銃で撃たれる。携帯電話で妻と口論の最中に撃たれたのだ。彼は車ごと崖から転落し死亡した。捜査に当たったNCISはスミスが勤務していた補給部の上司 モリス中佐に彼の死を伝えにいく。被害者の名を聞くとモリス中佐は怪訝そうな顔をして1人の男を指差した。“彼がジェリー･スミスだ。”どうやら被害者はスミスに成り済ましていたらしい。彼が他人に成り済ました理由は？ そして彼は何者なのか？ 事件は思わぬ方向へと進んでいく。

エピソード006　殺人ビデオ

伍長の妻が行方不明になった。誘拐の可能性もあることから捜査に乗り出すNCIS。被害者宅の家宅捜索で寝室に入ったマクギーは驚愕する。この部屋で女性が殺される映像を見たことがあったのだ。被害者は別の女性と2人でセックスサイトを運営していた。その女性も失踪していることが判明。しかも収益の50万ドルの行き先は不明だ。殺人ビデオの存在を報告しなかった汚名を返上しようとマクギーは必死の捜査を始める。

エピソード007　父の名誉

海軍少佐アレックス･タナーが息子ザックと遊びに来ていた遊園地から姿を消す。ザックの証言によると2人組の男に誘拐されたという。その後の捜査でタナーはQ&R社とともに国防省の機密プロジェクトにかかわっていた。時を同じくしてQ&R社のネットワークにハッカーが侵入し重要なソフトを盗んだことが判明。しかしソフトを動かすには暗号の入力が必要であり、その暗号を唯一知る人物がタナー少佐だった。そんな中ザックまでもが誘拐されそうになる。

エピソード008　潜入捜査

交通事故で死亡した殺し屋のレニエ夫妻の荷物の中か偽造パスポートと航空券が見つかった。海兵隊の創立記念パーティが開催されるホテルに宿泊予定だったことから、NCISは2人が海兵隊関係者の暗殺をはかっていたと考える。夫婦を雇った黒幕の正体を暴くため、トニーとジヴァがレニエ夫妻を装い潜入捜査を開始する。夫婦の部屋には盗聴器が仕掛けられ、向かいのビルでは何者かが2人を見張っていた。

エピソード009　犯罪者トニー

クアンティコ海兵隊基地で切断された両脚が見つかった。現場で発見されたゴム手袋の断片からトニーの指紋が採取される。さらに次々とトニーが犯人であることを示す証拠がそろい、彼は最重要容疑者となる。身内が容疑者となったため捜査権はFBIに移るが、トニーの無実を信じるギブスたちは独自の捜査を続行。自分の分析でトニーを容疑者としてしまったことに責任を感じたアビーは、ゆるぎない法医学的証拠を前に、必死の反証を試みる。

エピソード010　プロビーの試練

海軍作戦部長の警護中、マクギーが危険人物を射殺する。マクギーは相手が先に発砲し、それに応戦する形で彼が3発撃ったと証言する。しかし相手が撃った弾も使用した銃も現場から発見されなかった。その後の捜査で、死んだ人物が市警のベネディクト巡査だったと判明する。しかしベネディクトのパートナーであるアーチャー巡査が彼は銃を所持していなかったと証言したことでマクギーの過失致死が疑われる。だがギブスだけはマクギーの主張を信じ続けた。

エピソード011　スーパーモデル

クアンティコ海兵隊基地で鉄条網に宙づりになった遺体が発見された。彼女の名はテーラー・シェーン。基地内で撮影されているリアリティ番組に出演していたスーパーモデルだ。同じくスーパーモデルのハンナとナタリーと共に、新兵訓練を経験していた。セレブの謎の死にマスコミが注目する中、ギブスたちは捜査を開始。モデルたち3人の不仲やテーラーの元恋人の存在などが浮かび上がる。さらに、テーラーの遺体からは大量の麻薬が検出された。

エピソード012　絶体絶命

港で武器密輸の捜査をしていたトニーとジヴァが何者かに銃で狙われた。2人はコンテナの中に逃げ込むが、外から施錠され閉じ込められてしまう。行方不明になった2人をギブスとNCISのメンバーは必死に捜索する。コンテナの中で大量のDVDと札束を発見したトニーとジヴァ。2人が閉じ込められたコンテナはトラックに載せられ移動を始める。携帯電話の電波が届かないコンテナ内からの2人のSOSはギブスに届くのか。

エピソード013　海軍少佐誘拐の謎

海軍少佐アマンダ･ウィルカーソンが誘拐されたと自らの携帯電話でNCISに通報した。分析の結果、ウィルカーソンは車のトランクに閉じ込められたままの可能性が強まった。彼女は軍で核燃料運搬のルート作成にかかわっており、ギブスは その輸送と彼女の誘拐に関連があると考える。一方 彼女はPBJという名の店の回線を使い頻繁にメールのやり取りをしていたことが判明。店を訪ねると そこは性犯罪者を摘発するボランティア団体だった。

エピソード014　コリアタウンの秘密

クアンティコで海兵隊員の妻2人が銃殺死体で発見された。被害者はサン・ポーターとミン・クレーン。2人とも韓国人だ。第一発見者は、2人の友人で同じく韓国人のユン・ドーソン。3人は仲がよく、この日もコリアタウンへ行く約束をしていた。殺害の手口から訓練を受けた者の仕業だと考えたギブスたちは、サンと不仲だった夫のポーター軍曹を容疑者として確保する。そんな折、ユンが行方不明に！　一体、犯人の目的は何なのか？

エピソード015　海軍猟奇事件

海兵3名が盗んだ車のトランクから冷凍保存された人間の頭部が発見された。車を盗んだ3名は関与を否定。車の所有者はエプソロン社と判明する。しかし同社の顧問弁護士ショーン･オリバーは情報の提供を拒否した。一方 発見された頭部は海軍大佐パーカー･ウェインのものと判明。しかし彼は4ヵ月前に心臓発作のため死亡し、火葬されていたことが分かる。ギブスは事件解明のため遺骨を借りに行くが、大佐の未亡人に木曜の海への散骨までに返却してほしいと頼まれる。

エピソード016　家族の秘密

交通事故死したダンフォース上等兵の遺体を搬送していた救急車が突然炎上した。原因を調べるためNCISは捜査を開始するが、ギブスは上等兵の父親と親友メリルが何かを隠そうとしていることに気づく。救急車からは爆発物の破片が発見され、さらにDNA鑑定の結果、燃えた遺体は別人であると判明する。ギブスは親友のメリルに疑いの目を向けるが、父親が彼のアリバイを証言し、ダンフォース上等兵の死の謎はますます深まっていく。

エピソード017　アウトドアの恐怖

シェナンドー国立公園でクマに食われた男の死体が発見された。身分証などから下士官のベンジャミン･ライリーと判明。現場に残された靴跡からギブスはライリーが女性と一緒だったと推測する。その女性を捜索するため公園監視官のランディスを中心に地元のハンターたちが捜索に出発する。一方、ライリーの検死をしていたダッキーは、彼がクマに食われる前に刺殺されていたことを突き止める。その後、残された証拠品などからギブスは女性が誘拐されたと直感する。

エピソード001　硫黄島の記憶

NCISのもとに元海兵隊伍長のアーニー･ヨーストという老人が訪ねてくる。彼は古い銃を所持していて、それで仲間の海兵隊員を殺害したと告白した。ヨーストは第2次大戦中、硫黄島の戦いで勇敢な行動を取り名誉勲章を与えられていた。事件性は低いと判断するギブスだったが、ヨーストは海軍長官あてにも犯行を告白する手紙を送っていた。事態を重く見た海軍法務部はギブスに捜査を依頼する。捜査が進むうち硫黄島での彼らの壮絶な戦いが明らかになるのだった。

エピソード002　歪んだ愛の行方

閉鎖された海軍基地居住区の地下でミイラ化した花嫁姿の死体が発見された。その傍らには「良妻のたしなみ」という本が。犯人は理想の妻を求めて女性を監禁し、失望の末に殺害したとケイトはプロファイルする。連続事件に発展することを懸念したギブスたちは、証拠品を頼りに犯人の足跡を追い始めるが、捜査は難航する。しかし次の犠牲者と思われる行方不明者の事件を洗い直すうちに、意外な犯人にたどり着くのだった。

エピソード003　 闇に潜む誘拐犯

ワトソン海軍大佐の妻ジルと目の不自由な娘サンディが何者かに誘拐された。その直後、犯人はコンピューターを介して大佐に軍の特殊作戦用の資金から200万ドルを引き出すよう命じる。大佐から極秘に依頼を受けたNCISは捜査を開始する。犯人はコンピューターウィルス“トロイの木馬”を使い、大佐の端末にアクセスしていた。ギブスの作戦に乗っ取っり犯人との交渉が続く中、サンディだけが解放されることになったのだが……。

エピソード004　 消えたパイロット

小さな田舎町に突如現れたミステリーサークルの中で、海兵隊のヘリが発見される。パイロットのニューウェル大尉は謎の失踪を遂げていた。ギブスたちは捜査に出向くが、住民の話は不思議な光や家畜の異常行動など、超常現象を示唆するものばかり。そんな中、現場付近の火事跡で焼死体が見つかるが、ニューウェル大尉とは別人だった。2つの事件の関連を調べるうちに、小さな町に隠された恐るべき真相が浮かび上がってくる。

エピソード005　 名前のない大尉

ノーフォーク海軍基地の敷地内で女性の死体が見つかった。海軍大尉の制服を着たその女性はレイプされた後、絞殺されていた。現場検証に訪れた検死官ダッキーは死体の首にヤリ形の傷があることに気づく。身元を調べるNCISだが指紋のデータベースに一致する人物はなく、行方不明の女性士官も報告されていなかった。行き詰るメンバーの前にダッキーが現れた。彼は10年前に今回とまったく同じ手口の殺人事件があり、未解決であることを打ち明けるのだった。

エピソード006　 裏切りの代償

海兵隊の爆撃場で、マフィアの一人が訓練に巻き込まれて死亡する。捜査に出向いたギブスらは、現場でさらなる焼死体を発見した。この爆撃場は、マフィアが死体の廃棄場所に使っていたのだ。FBI捜査官フォーネルからの情報により、死亡した男はマフィアに潜入していた覆面捜査官だったことが判明する。フォーネルは身内にスパイがいる可能性をギブスに示唆するが、当局に疑いを持たれていたのは、なんとフォーネル自身だった。

エピソード007　 除隊直前の恐怖

海軍少佐ミッキー・シールズの車が何者かに爆破された。一命を取り留めたシールズ少佐にはアフガニスタンの戦闘で誤って民間人を爆撃した過去があったため、テロの疑いがあるとしてFBIが捜査に乗り出したため、NCISは除隊を目前に控えた少佐と家族の警護を担当することになった。NCISは独自の捜査で犯人はアルカイダの一派と突き止める。FBIもその事実を突き止め容疑者の居場所も把握していたが、捜査上の理由により身柄の拘束を見合わせていた。そんな中、第二の爆破事件が起こる。

エピソード008　 秘められた真実

航空母艦ケネディ勤務のドーナン中佐が、手術後の病室で不可解な爆死を遂げた。まるで自然発火したかのように胴体だけが焼け焦げていたのだ。現場に残された証拠から、殺人事件として捜査を始めるギブス。ケネディに転属していたカシディ捜査官の協力により、ドーナンを恨んでいたヘイズ少尉が容疑者として浮かび上がるが、ケネディを訪れるとヘイズは失踪していた。一方アビーとダッキーは、爆死の謎を解くために分析を進める。

エピソード009　 逃亡者トニー

移動中の護送車から囚人2人が脱走した。1人はジェフリー・ホワイト。彼は戦争の混乱にまぎれアメリカに運び込まれ、現在は海軍が保管しているイラクの古美術品を盗んだ犯人だ。もう1人はNCISのトニー。実は自白しないホワイトから美術品の隠し場所を探り出すため、おとり捜査をしていたのだ。こうして2人の逃亡劇が始まる。GPSで後を追っていたギブスたちだったが、途中のトラブルで信号が途絶えてしまう。そのころホワイトと逃亡を続けるトニーに危機が迫っていた。

エピソード010　 偽りの情事

海兵隊基地内の居住区でレイプ未遂事件が発生する。しかし被害者のローラに撃たれて重体となったレイプ犯のデビソンは、自分とローラは恋人だったと供述する。ローラのパソコンを調べると、確かにデビソンとのメールのやり取りが残っていた。ローラは夫の出征中に、出会い系サイトで寂しさをまぎらわせていたのだ。早速ローラを尋問して追い詰めるギブス。しかしその時、何者かがローラのパソコンに細工をしていたことが判明する。

エピソード011　 湖に沈んだ男

2年前から行方が分からなかった海軍大尉ブライアン･マカリスターの遺体がブラックレイクの湖底から引き揚げられた車から発見された。彼の家族からは事件解決に100万ドルの懸賞金が出されていて、発見した私立探偵のモンロー･クーパーも懸賞金目当てに調査していた。大尉が乗っていた車のドアから弾丸が発見されたことで、殺人事件の可能性が強まる。クーパーの情報により富豪であるマカリスター家の秘密が明かされ、一家の遺産を引き継いだ弟のトーマスに疑いの目が向く……。

エピソード012　 過去からの復讐者

ダッキーが再現に取り組んでいたバラバラ死体の身元がついに判明した。10年前に殺人事件の容疑者ビンセント・ハンランを有罪に追い込んだ裁判官、検事、陪審員長の3人だった。ハンランは出所後に死亡しており、復讐を望む何者かの仕業だと睨んだギブスらは捜査を始める。実はハンランの裁判で決定的な証言をしたのは、他でもないダッキーだったのだ。そんな中、新たな死体がダッキーの家へ届けられ、復讐劇は大きな局面を迎える。

エピソード013　 生き写しの捜査班

電話会社のオペレーターが海軍下士官ディオン・ランバートとの会話中、争う物音とうめき声を聞く。ランバートの自宅にNCISが駆けつけると、すでに地元警察が到着していた。自宅には荒らされた形跡と血痕があったが死体はない。ランバート下士官は海軍の医療システムを開発するプログラマーだった。状況証拠を分析した結果、ランバートは死んではおらず、自らの死を偽装したことが判明。しかも彼はプログラムを不正に 変更し、軍から大量の薬物を横領していたのだった。

エピソード014　 目撃者

水兵が絞殺されるのを目撃したという女性から通報があるが、現場のアパートには事件の形跡も死体も無く、住人のロバート・ソーンも留守だという。事件性を疑うギブスはマクギーを確認に行かせる。初の単身行動で張り切るマクギーは、目撃者の証言を信じて捜査を要請する。検証の結果、確かに部屋からはキース・ディロン2等兵曹の指紋が検出された。ギブスらはソーンの行方を調べ始めるが、その矢先にディロンの死体が発見される。

エピソード015　 テープに残った真実

シェナンドー公園に妻や友人とキャンプに来ていた海兵隊軍曹ウィリアム･ムーアが崖から転落して死亡した。ビデオカメラで景色を撮影している最中、足を滑らせたものと警備員は判断。見つかったビデオカメラの分析が始まった。一部復元されたテープには彼らと言い争う酔っ払いの姿が映っていた。男は暴行罪で前科のあるデビッド･ルニオン。しかし彼は犯行を否認する。一方、テープにはムーア軍曹の妻ジュディと友人ケイン軍曹の意外な姿が映っていた。

エピソード016　 ポップスター

バーテンのテイラーが目覚めると、隣で寝ていたはずの女性が死んでいた。死体はマンダ・キング兵曹であることが判明し、早速ギブスが聴取するが、テイラーは自分が家に連れ込んだのは別の女性だと主張する。現場に残ったDNAは、確かに死体とは別人のものだった。ギブスらはライバル店のイアン・ハッチが仕組んだ罠と見て捜査を始めるが、店に潜入したトニーとケイトが見たものは、舞台で歌うマンダの妹、サマンサの姿だった。

エピソード017　 目には目を

二等兵のベンジャミン･ホーラッカーにパラグアイのシウダード･デル･エステという場所から人間の眼球が届けられた。その後の調べで眼球は女性のものであると判明。しかしホーラッカーは関与を否定した。彼は軍の諜報訓練センターで学んでいて南米が専攻だった。ギブスはトニーとケイトにホーラッカーを見張らせる。その夜、ホーラッカーは自殺してしまう。NCISは通話履歴から、彼が生前最後に電話した相手が諜報訓練センターの教官ガイマン･パーセルだったことを突き止める。

エピソード018　 スプリング・ブレイク

ビキニ・コンテストに出場するはずのティファニー・ジョーダン兵曹が、コンテスト中にトイレの中で殺された。ティファニーは男性誌のモデルもするスタイル抜群の美女で、ギブスらは彼女に手紙を送り続けていたストーカーの男が怪しいと踏んで調べを始める。しかし検死の結果、ジョーダンが妊娠していたことが判明した。ギブスらが恋人の存在を調べる一方で、アビーは死体の髪に付着していたワックスの種類探しに奮闘する。

エピソード019　 モンスターの陰謀

海軍のジェシカ･スミス下士官が自宅で何者かに襲われかけたと通報してきた。現場に駆けつけたNCISは彼女がイラクで婚約者を亡くして以来、精神障害にかかっていると知らされる。担当医のウィットン少佐は、すべては彼女の妄想で事件性はないと主張した。その後の調べで、彼女が所属する国防総省の調達部門の上官ヴェッター大佐がリベートを受け取った疑いでFBIが捜査していることが判明。スミスも事情聴取を受けていた。そんな中、スミスが病室で首をつって自殺してしまう。

エピソード020　 秘密クラブ

大学の予備役将校訓練部隊に在籍する候補生、ジョセフ・ターナー3等軍曹が殺された。死体には争った痕跡と不可解な円形のあざが無数に残されていた。ターナーと親しかったブレイク兵曹も失踪しており、ギブスはターナーと敵対していた反戦派の学生を疑うが、謎のハッカーから捜査を翻弄するようなメッセージが次々と届く。しかしそれがきっかけとなり、ターナーとブレイクが属していた候補生の秘密グループの存在が明らかになる。

エピソード021　 英雄の真実

イラクで戦死した衛生下士官ジャスティン・ドブスが契約する倉庫から白骨死体が発見された。発見したのは彼の高校時代の女友達エミー・プール。彼女はドブスから遺言を託され、彼の棺に納める写真を探しているところだった。検死の結果、同じく高校の女友達ノラ・ウェブの遺体と判明。ノラは2年前から失踪しており地元警察はドブスが関係していると疑っていた。ドブスが勲章の対象になっていることを知ったノラの父親や地元警察はNCISに非協力的な態度を取るのだった。

エピソード022　 死の口づけ

NCIS宛てにキスマークのついた手紙が届いた。喜んでトニーが開封した途端、白い粉が舞い散る。生物テロの恐れから、感染の可能性が高いトニーとケイトは海軍病院に隔離されるが、捜査を行う中で白い粉の正体はペスト菌の亜種で、しかもトニーが感染したことが判明する。手紙の差出人の要求は、解毒薬が欲しければ迷宮入りしたレイプ事件の真実を公表しろというものだった。トニーの命を救うために、ギブスらは必死の捜査を行う。

エピソード023　 帰ってきた宿敵

海軍大尉のディーン・ウェストフォールとカーティス・ジャンセンがドライブ中、何者かに殺された。しかもウェストフォールは両手首を切り取られていた。現場検証に当たるNCISは、車に仕掛けられた爆弾で危うく命を落としかける。何者かがNCISを殺害するために仕掛けたと直感するギブス。一方、ウェストフォールは海軍の新しい無人飛行機の開発に携わっていることが判明する。そんな時、FBIのフォーネルがアリ・ハスワリがワシントンに戻ってきたことを知らせに来る。

エピソード001　狙われたエア・フォース・ワン

大統領専用機エア・フォース・ワン内で、大統領を護衛していた海軍のトラップ中佐が原因不明の発作を起こし急死した。ギブスとトニーは、同機に搭乗していたシークレット・サービスのケイト・トッド捜査官と捜査を共にすることに。彼女の話から、中佐は直前に体調を崩したケリー議員の代わりに搭乗していたことが分かった。一方NCISの法医学者アビーは、中佐の死因がスーツに塗りこまれたヘビの猛毒によるものだと突き止める。

エピソード002　パラシュートの罠

海兵隊の訓練中に伍長フェンテスのパラシュートが開かないまま、車の屋根に激突し死亡するという事故が発生した。事故と事件の両面から捜査を始めたギブスらは、フェンテスが多くの事故から無傷で生還し、そのことで同僚から金を集めていた事実を知る。アビーがパラシュートのラインからバッテリー液を検出したことから、すぐさま点検者であるウェブに疑いが向けられる。しかし点検表にあったウェブのサインは偽物と判明する。

エピソード003　 船乗りの真実

海軍中佐ブライアン・ファレルの死体が海岸に打ち上げられた。その付近から2人の麻薬密売人の死体が発見されたことで、ファレルが麻薬取引に関与していた疑いが高まった。しかしギブスは、中佐が麻薬撲滅の運動に熱心だったことを知り、彼がたまたま現場に居合わせ、事件に巻き込まれたのではないかと推理する。密売人らが運んでいた偽札が、9.11事件のハイジャック犯たちから渡った金だと分かり、ついにFBIも捜査に乗り出す。

エピソード004　 不死身の戦士

駆逐艦フォスターに勤務するマクドナルド水兵の遺体が発見された。遺体は海底で直立し、式典用の白服を身につけ腰には剣をさしていた。マクドナルドはオンラインRPGのプレイヤーで、偶然にも同じ水兵ズーガーと共に不死身の戦士としてネット上に君臨、ゲームでの戦いが講じて剣を買い、本当の闘いをしていたことが分かる。そして現実とゲームの世界を混同したマクドナルドが残した日記にはある危険が隠されていた。

エピソード005　 ミイラの呪い

セントメリー公園でF-14トムキャットから落下したタンクが発見され、中にはミイラ化した死体が入っていた。認識票から、行方不明になっていたシルズ大尉と判明。彼は120万ドルを盗んだ容疑で不名誉除隊になっていた。シルズの未亡人に会いに行ったケイトは彼の無実を確信。彼にかけられた疑いを晴らし、遺族手当が支給されるよう動き出すが、未亡人の新しい夫がシルズの同僚、出納官補佐だった男だと分かる。

エピソード006　 公海の英雄

航空母艦エンタープライズ勤務のウィルクス兵士が、裸で冷凍室に入っているところを発見される。高熱を発し、麻薬中毒の症状が見られた。以前部下だったバーリー捜査官の要請に応じてギブスらが捜査に向かう。最近行われた尿検査では陰性だったウィルクスだが、再検査では陽性。しかし断固として麻薬の使用を否定、寝台を調べても何も証拠は出なかった。そんな中、またひとり兵士が同じように奇行に走り、甲板に崩れ落ちる。

エピソード007　 潜入者

ノーフォークの海軍基地で、有毒廃棄物処理用のドラム缶から腐乱死体が発見された。被害者の入れ墨からギブスは、殺されたのは原潜フィラデルフィアの乗組員だと確信するが、船には欠員がいないことが分かる。ギブスは誰かが被害者を殺し、彼の持ち場についたのではないかと考え、調べを行なうためケイトと共にフィラデルフィアに乗船する。一方、地上で別行動のトニーは基地担当の新人のマクギーと共に調べを始める。

エピソード008　 死のエメラルド

バージニア州の路上で、グアンタナモ基地の通訳サイード兵曹が死亡。原因はエメラルドを飲み込んだことによるものだった。密輸が目的と考えたギブスらは基地へ向かい、調査を開始。しかし迎えた女性捜査官カシディは、サイードの死に関係している可能性があった。カシディを調査するトニーは彼女に惹かれていくが、サイードが彼女の部屋の鍵を持っていたことが判明、彼のPCからは隠されたアラビア語の文書が発見される。

エピソード009　 死者からの電話

キッドウェル少佐とピアリー少佐、二人の海兵隊員が死亡した。遺族の元には蓋が閉められた棺桶が届いただけで、機密任務に関わっていた二人の死因は知らされなかった。しかし葬儀の当日、自分はジムだという男からの電話が……。捜査を開始したギブスらのもとに、上官だと名乗る中佐から連絡が入り、2人の名誉のために死因は伏せておきたいと説明。半信半疑のギブスだったが、その直感の通り彼が偽物だったことが分かる。

エピソード010　 埋められた女

地中に生き埋めにされた女性が、自力で這い出てきた。しかし彼女は記憶を失っており、自分のことも、なぜその場にいるかも覚えていない。ひとつだけ覚えているのは、海軍の船に爆弾が仕掛けられたということ。それを裏付けるように彼女の衣服からは爆弾の製造に使われる薬品が検出された。ギブスらは彼女が埋められていた場所で鍵を発見。ホテルを割り出し部屋の扉を開けると、そこには男性の死体が転がっていた。

エピソード011　 スパイ衛星

衛星を使って地上の監視をしていたCIAの分析官が殺人を目撃した。任務中にもかかわらず、海軍基地で裸で日焼けをしている女性を見ていたら、近くで男性が刺されたのだ。彼は匿名で通報。ギブスらが現場に向かう。被害者はトーマス･イーガン少佐。イーガンは民間会社の監視用ソナーの開発に携わっていた。トニーは匿名電話の発信元を突き止める。そこでギブスがCIAに情報提供を求めるが、当然のように拒否されてしまう。

エピソード012　 歩かない脚

ウェストバージニア州の小さな町で、切断された脚が発見された。脚は24時間以内に切断されたこと、人工関節が入っていることがわかり、シリアル番号からトーマス･ドーン一等兵のものだと判明する。しかし軍歴によると、彼は2年前に心臓発作で死亡したことになっていた。若くして死んだにもかかわらず検死はされず、遺体は火葬、死ぬ直前にかけられた多額の保険金は、彼の死亡を確認した異母姉が受け取っていた。

エピソード013　 一発必中

海軍事務所で入隊候補者と話をしていた勧誘担当のアルヴァレス一等軍曹が、どこからともなく放たれた一発の弾丸で命を落とした。続いて2件目の事件が起こり、ギブスはそこで白い羽を発見、ケイトとトニーも最初の犯行現場で白い羽を見つける。そこでギブスは、犯人は事前に事務所に来ていたと確信、そして第3の犯行に及ぶはずだと推測。自らがアルヴァレスの後任に扮して、犯人のおとりとなる作戦を思いつく。

エピソード014　 完全なアリバイ

海軍の少佐が、うつ伏せで裸という“処刑スタイル”で殺害された。そして2郡離れた場所、さらにジェームズ･シーガー大尉が同じ手口で殺される。最も有力な容疑者はシーガーの妻ローラ。2人は離婚調停中で、シーガーが相続した遺産が彼女の元に入るのは、離婚が成立する前にシーガーが死んだ場合だけなのだ。彼女はDNAサンプルを提供し、アリバイを主張。アリバイは証明されるがそのアリバイは完璧すぎるものだった。

エピソード015　 不可解なものたち

ギブスの海兵隊時代の部隊長、ライアン大佐がフセインの金を持ち逃げし、イラクから無許可で帰国したとFBIが告げてきた。彼の無罪を確信するギブスは捜索を開始するが、2人の関係を知るFBI捜査官フォーネルはギブスに尾行を付けていた。ギブスの家に大佐が姿を現し、キャメロン中尉と共に金を奪い祖国を裏切った黒幕を突き止めていることを明かすが、キャメロンは昔、ギブスの腕の中で死んだはずの人物だった。

エピソード016　 それぞれの悪夢

ダッキーとジェラルドが夜中に検死のため呼び出された。だが死体袋の中にいたのは、銃を持った男アリ。アリは銃を突きつけ、検死を行う予定のカサムの遺体を取り出させた。テロリストの疑いがあったカサムは、ギブスに撃たれて死んだのだった。アリは、カサムの関連した品の回収を要求。証拠品の回収を指示するダッキーの電話での様子に不安を感じたケイトは、状況を把握しようと証拠品を運ぶが、自分も人質になってしまう。

エピソード017　 真実はそこに

盛り上がる深夜のクラブで、クリス・ゴードン一等兵曹の死体がトイレの天井から落ちてきた。検死によって、死因は車に轢かれたことと判明、死んだ後に天井に隠されたのだ。さらに基地の彼の部屋からは、ステレオのスピーカーに4万ドルが隠してあるのが見つかった。彼の上司に話を聞くとゴードンと仲がよく“5銃士”と呼ばれていた仲間がいるという。4人に話を聞くと、練習したかと思えるほど妙に話が一致していた。

エピソード018　 特殊部隊員の脱獄

浮気した妻を殺した罪で刑務所に収監されていた元特殊部隊員ジャック・カーティンが脱獄した。祖父母と共に暮らしている息子ケヴィンの元に現れるだろうとケイトを家に張り込ませるが、ケイトは銃を奪われ手足を縛られてしまう。カーティンは息子と時を過ごし、別れを告げて去っていった。ギブスはカーティンが何者かを追っていることを察知し、無罪を主張していた彼が妻殺しの真犯人を突き止めたのではないかと推測する。

エピソード019　 ダイイング・メッセージ

NCIS の捜査官、クリス・パッチが殺害され、腹を切り裂かれた無惨な姿で発見された。ギブスはパッチから相談事があると言われながら、話を聞くことが出来なかったことをひどく後悔していた。パッチが未解決事件を捜査していたことが分かり、さらにダッキーは体内から飲み込まれたメモリーカードを発見。殺されることを察知し、そして検死で必ず発見されると信じたパッチからのダイイング・メッセージだった。

エピソード020　 消えた海兵隊員

ビル・アトラス一等軍曹が行方不明になった。彼が最後に目撃されたバーのウェイトレスによれば、アトラスは不倫相手と思われる女性と一緒だったという。女性は新聞記者キャロルで、アトラスから記事のネタを聞き出していたと告白。彼は海兵隊員が次々と姿を消していると言い、次は自分の番かもしれないと恐れていたというのだ。調べるとアトラスと共にフィリピンに駐留していた隊員4人が、行方不明になっていた。

エピソード021　 潜入捜査

野原で切り株に串刺しにされた死体が発見された。殺されたのはトマス・グリム三等曹長。兵器の管理責任者で、PCから彼が武器を売ろうと画策していたことが分かった。ギブスはグリムの通話記録から地元の質店で武器をさばいていたのではないかと推測。そこでトニーが潜入捜査を行い、違法な武器を店の女性オーナー、ストーンに売ろうとする。しかし作戦が成功しかけたところで、ストーンに銃を向けられてしまう。

エピソード022　 転落の真相

特殊部隊所属のリック・ジョンソン大尉が、機密任務の訓練中にカラビナが折れ崖から転落。悲惨な最期を遂げる。カラビナがアルミで作られていたことがわかり、彼の死は事故ではなく殺人ではないかと疑われた。ジョンソンは48時間以内に、国家の安全に影響を及ぼす可能性のある任務を始めることになっていた。だから、もしこれが殺人で、何者かがその計画を危険にさらしているなら、早急に犯人を突き止めなければならなかった。

エピソード023　 目覚め

ある日、1人信号待ちをしているケイトの前に1台のバイクが止まった。不意にヘルメットを取り笑いかけた顔は、彼女とダッキーを人質に取り、ジェラルドを撃った男、ギブスが探し求めていたあのテロリストだった。彼を捕らえようと後ろからきた車を止めて追跡するよう命じるが、それは彼の仲間の車で、ケイトはそのまま連れ去られてしまう。同じ頃、マクギーは新しいプログラムを導入し、標的の人物を突き止める。