ミュータントを意味もなく恐れ、忌み嫌う人間たち。その急先鋒のケリー上院議員が主張する「ミュータント登録法案」の成立は今や時間の問題となっていた。一方、ミュータントの2人のリーダー、人類との共存を説くプロフェッサーXと、ミュータントが地球の支配者たるべきと主張するマグニートーは対立を深めていた。マグニートーによる人類のミュータント化計画を阻止するためにプロフェッサーXが指揮するミュータント部隊、X−MENが立ち上がる。

　超絶的なテレパシーで“最強のミュータント”と呼ばれるプロフェッサーX、全てを焼き尽くす“オプティック・ブラスト”を放つサイクロップス、テレキネシスに加えテレパシー能力も持つジーン・グレイ、天候を自由に操るストームらに加え、驚異的な再生能力を持つウルヴァリン、人間の生命力やミュータントの特殊能力を吸い取るローグたちは、強烈な磁気の使い手のマグニートー、あらゆるものに変身するミスティークらと激しい戦いを繰り広げる。


　ニューヨークのリバティー島を舞台にした最終決戦でマグニートーの野望は阻止され、プラスチック監獄に囚われの身となる。しかし、X−MENを含むミュータントたちに対する偏見は変わる事はない……。